まず、
muse-publish-markup-heading
を修正しちゃうと、tex以外の形式でのpublishでも見出しのレベルが変わってしまって、それではhtmlでpublishするときに困る、となってしまっていたのでした。だから、
muse-latex-markup-strings
を修正することにして、latexの出力時にのみ影響するようにしました。

あと、alistを修正するのに、ばかみたいにalist全体を再定義しなくても、acons関数を使えば良いということが分かりました。
僕、lisp分かってなさ過ぎ。

あと、pTeXはMacPortsからインストールすれば良いですよね。[2007-09-27-1]。

あ、あと、これは手順に関係ないけどついでに。
画像を埋め込む時に、eps以外はダメかと思ってたら、画像の大きささえ定義されてれば良いので、

ebb 画像ファイル名

ってやると、

[画像ファイル名].bb

ってファイルが生成されて、これがあればplatexがちゃんと処理できるようになります。おけー。

ってことで、まとめた手順を以下に示します。

1. CarbonEmacsを使います。まだの人はインストール。
2. CarbonEmacsには最初からmuse-modeが入ってるので、特にインストールは不要。別のemacsenの人はインストール。
3. 下記でpTeXをインストール(MacPortsのインストールがまだの人はインストール)。

sudo port install pTeX

4. .emacsに下記を設定

;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
;; muse
;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
(require 'muse-mode)
(require 'muse-html)
(require 'muse-latex)
;; (require 'muse-book)
;; (require 'muse-texinfo)
;; (require 'muse-docbook)
;; (require 'muse-project)
;; (require 'muse-wiki)

(setq muse-latex-header
      "%% -*- mode: japanese-Latex; coding: shift_jis -*-
\\documentclass{jreport}

\\usepackage[dvipdfm]{graphicx}
\\usepackage{url}

\\newcommand{\\comment}[1]{}

\\begin{document}

\\title{<lisp>(muse-publishing-directive \"title\")</lisp>}
\\author{<lisp>(muse-publishing-directive \"author\")</lisp>}
\\date{<lisp>(muse-publishing-directive \"date\")</lisp>}

\\maketitle

<lisp>
(and muse-publish-generate-contents
     (not muse-latex-permit-contents-tag)
     \"\\\\tableofcontents\n\\\\newpage\")
</lisp>
")

(setq muse-latex-markup-strings (acons 'section "\\chapter{" muse-latex-markup-strings))
(setq muse-latex-markup-strings (acons 'section-end "}" muse-latex-markup-strings))
(setq muse-latex-markup-strings (acons 'subsection '"\\section{" muse-latex-markup-strings))
(setq muse-latex-markup-strings (acons 'subsection-end '"}" muse-latex-markup-strings))
(setq muse-latex-markup-strings (acons 'subsubsection '"\\subsection{" muse-latex-markup-strings))
(setq muse-latex-markup-strings (acons 'subsubsection-end '"}" muse-latex-markup-strings))
(setq muse-latex-markup-strings (acons 'section-other '"\\subsubsection{" muse-latex-markup-strings))
(setq muse-latex-markup-strings (acons 'section-other-end '"}" muse-latex-markup-strings))

(defun muse-latex-pdf-generate2 (file output-path final-target)
  (apply
   #'muse-publish-transform-output
   file output-path final-target "PDF"
   (function
    (lambda (file output-path)
      (let ((command (format "cd \"%s\"; platex-sjis \"%s\";"
                             (file-name-directory output-path) file))
            (times 0)
            result)
        ;; XEmacs can sometimes return a non-number result. We'll err
        ;; on the side of caution by continuing to attempt to generate
        ;; the PDF if this happens and treat the final result as
        ;; successful.
       (while (and (< times 2)
                    (or (not (numberp result))
                        (not (eq result 0))
                        ;; table of contents takes 2 passes
                        (file-readable-p
                         (muse-replace-regexp-in-string
                          "\\.tex\\'" ".toc" file t t))))
          (setq result (shell-command command)
                times (1+ times)))
        (if (or (not (numberp result))
                (eq result 0))
            t
          nil))
      (let ((dvi (muse-replace-regexp-in-string
                  ".tex" "" file t t)))
        (shell-command (format "cd \"%s\"; dvipdfmx \"%s\";"
                               (file-name-directory output-path) dvi)))
      ))
   muse-latex-pdf-cruft))

  (muse-derive-style "pdf" "latex"
                     :final 'muse-latex-pdf-generate2
                     :browser 'muse-latex-pdf-browse-file
                     :link-suffix 'muse-latex-pdf-extension
                     :osuffix 'muse-latex-pdf-extension)